19 305₽
mNGS (metagenomic NGS) или более глубокое WGS — это «максимально подробное чтение» всего генетического материала в образце. Исследование помогает выявить и описать все микроорганизмы, присутствующие в биоматериале. Результаты анализа позволяют врачу быстрее выбрать оптимальную тактику диагностики и лечения.
При WGS секвенировании в лаборатории считывается весь генетический материал (ДНК) из клинического образца. По результатам формируется список всех обнаруженных микроорганизмов: бактерии, грибы, простейшие, вирусы.
Дополнительно оцениваются генетические признаки:
- гены токсичности (факторы, которые могут быть связаны с выраженностью воздействия возбудителя);
- гены устойчивости к антибиотикам (это помогает врачу учитывать, какие схемы лечения могут быть более обоснованными).
Достоинства метода: WGS-секвенирование позволяет выявлять все группы микроорганизмов, включая вирусы, а также дополнительно гены токсигенности и антибиотикорезистентности.
Важно: результат зависит от корректности забора и качества биоматериала. Поэтому следуйте инструкции по подготовке и доставке образца, чтобы получить наиболее достоверные данные.
WGS-секвенирование назначают:
Для оценки инфекционной нагрузки
Часто возбудитель инфекционного процесса остается неустановленным. Сложные случаи требуют методов диагностики, выходящих за рамки традиционных подходов. WGS-секвенирование подходит для:
- госпитализированных пациентов с различными сочетанными инфекциями (ко-инфекциями);
- при инфекции кровотока (при сепсисе), когда результат требуется как можно быстрее;
- при инфекции центральной нервной системы (кровь, ликвор, ткань головного мозга, мазок из ротовой полости);
- для диагностики внелёгочного туберкулеза;
- хронический инфекционный процесс неустановленной причины любой локализации (например, рецидивирующие пневмонии, онкологические процессы)
Рекомендовано приобщать к запросу выписки от врача или заполнение анкеты.
Оценка нарушенного баланса (диагностика дисбиоза) возможна только при исследовании микробиоты кишечника. При этом нужно учитывать, что в кишечнике будет присутствовать транзиторная (временная) флора.
Оценку нарушенного баланса целесообразно проводить с одновременным определением инфекционной нагрузки, при:
- воспалительных заболеваниях кишечника;
- подозрении на туберкулёз кишки;
- хроническом запоре или диарейном синдроме;
- онкологическом процессе.
В других обстоятельствах или при профилактическом обследовании лучше выбрать исследование методом 16s рРНК.
На исследование “Метагеномное секвенирование mNGS с интерпретацией” лаборатория принимает биологический материал:
для оценки кишечной микрофлоры:
- кал
для оценки микрофлоры урогенитального тракта::
- мазок из влагалища;
- мазок из цервикального канала;
- моча разовая
- эякулят
для определения инфекционных возбудителей в крови:
- кровь с ЭДТА
К заказу целесообразно приобщить выписки от лечащего врача и/или заполнить анкету.
Если для одного пациента требуется оценить состав микрофлоры нескольких локусов, то для каждого вида биоматериала нужно заказать и оплатить отдельное исследование.
Для получения правильного результата материал для исследования собирают до начала антибактериальной терапии или через 7 дней после ее окончания. Пробиотики не следует принимать в течение 1-2 недель перед исследованием. На состав микробиома могут влиять ингибиторы протонного насоса, антидепрессанты, нейролептики, сахароснижающие препараты, препараты для химиотерапии и другие. Продолжение приема или отмену лекарственных препаратов перед исследованием следует согласовывать с лечащим врачом.
Набор для взятия и хранения биоматериала необходимо получить в медицинском офисе Хромолаб накануне исследования.
Правила сбора кала:
Кал необходимо собрать в 2 пробирки типа эппендорф с транспортной средой.
Варианты сбора:
• С туалетной бумаги: зачерпните остатки кала стерильной палочкой-тампоном.
• Из емкости (горшок, судно): перед дефекацией емкость тщательно вымыть с мылом, ополоснуть водой, обдать кипятком и высушить.
• Из памперса (для младенцев): собрать свежий кал.
Перед отбором тщательно вымойте руки.
1. Откройте пробирку с транспортной средой, не задевая внутреннюю часть крышки и пробирки руками.
2. Положите крышку внутренней стороной вверх.
3. Аккуратно достаньте палочку-тампон из индивидуальной упаковки, не касаясь конца ватного намота.
4. Кончиком палочки-тампон соберите каловые массы, объем которых приблизительно равен объему одного-двух гречневых ядер.
5. Опустите палочку-тампон в пробирку с транспортной средой и тщательно перемешайте в течение одной минуты.
6. Извлеките палочку-тампон из пробирки и выбросьте её.
7. Закройте пробирку крышкой, не задевая внутренние части пробирки и крышки.
После сбора пробирки с материалом следует хранить при температуре +2+8С (на дверце холодильника). Передать в лабораторию в день сбора образцов.
Правила сбора мазков из цервикального канала и влагалища:
Внимание! Сбор мазков осуществляет врач при гинекологическом осмотре. Взятие материала не следует проводить во время менструации. Должно пройти не менее 48 часов после полового акта, УЗИ с использованием вагинального датчика, кольпоскопии.
Проверьте целостность упаковки стерильного зонда. При вскрытии и использовании зонда не следует прикасаться стерильным краем зонда к посторонним предметам, рукам специалиста, коже пациента.
Мазок из влагалища: вращательным движением провести по поверхности боковых стенок влагалища, максимально полно собирая отделяемое. Поместить кончик зонда, содержащий взятый клинический материал, в пробирку с транспортной средой. Цвет транспортной среды с муколитиком может измениться после помещения в нее клинического материала.
Мазок из цервикального канала: перед взятием мазка следует удалить слизь и отделяемое влагалища с поверхности шейки матки стерильным марлевым или ватным тампоном. Ввести рабочую часть стерильного зонда в цервикальный канал и совершить 3-5 полных оборотов по часовой стрелке. Извлечь зонд и поместить его кончик, содержащий материал, в пробирку с транспортной средой.
Длинную пластиковую часть зонда аккуратно отломить на 1-1,5 см выше рабочей части таким образом, чтобы в пробирке остался только кончик, содержащий материал. Цвет транспортной среды с муколитиком может измениться после помещения в нее клинического материала.
! Недопустимо касаться руками или посторонними предметами внутренней части пробирки при ее открывании и закрывании. Недопустимо использование многоразовых ножниц для обрезания зонда - это может привести к перекрестной контаминации и получению ложных результатов.
Плотно закрутить пробирку крышкой, не допуская зазора и замятия внутренней части.
После сбора пробирки с материалом следует хранить при температуре +2+8С (на дверце холодильника). Передать в лабораторию в день сбора образцов или не позднее следующего дня.
Правила сбора разовой порции мочи.
Наиболее информативна утренняя моча, полученная сразу после пробуждения. Непосредственно перед отбором мочи необходимо провести тщательный туалет наружных половых органов.
Женщинам: перед мочеиспусканием желательно вложить тампон во влагалище для предупреждения попадания отделяемого в образец мочи.
Мужчинам: при мочеиспускании необходимо оттянуть кожную складку и полностью освободить наружное отверстие мочеиспускательного канала.
Сбор мочи:
При первом мочеиспускании небольшое количество мочи (первые 1-2 секунды мочеиспускания) выпустить в унитаз, затем, не прерывая мочеиспускания, подставить контейнер для сбора мочи.
Собрать около 30-40 мл (1/2 - 2/3 контейнера) средней порции утренней мочи.
Плотно закрутить крышку контейнера. Не допускать протечек образца при хранении и транспортировке.
После сбора контейнер с материалом следует хранить при температуре +2+8С (на дверце холодильника). Передать в лабораторию как можно скорее в день сбора образца.
Правила сбора эякулята:
Для отбора эякулята потребуются стерильный контейнер (баночка), стерильный зонд и пробирки со специальной транспортной средой (в наборе для взятия и хранения проб).
Условия подготовки: перед сбором эякулята должно пройти не менее 48 часов после полового акта. Следует воздерживаться от мочеиспускания в течение 1,5-2 часов перед сбором.
Извлеките зонд из пробирки и выбросьте его. Закройте пробирку крышкой, не задевая внутренние части пробирки и крышки. Плотно закрутите пробирку крышкой, не допуская зазора и замятия внутренней части крышки.
Повторите манипуляцию со второй пробиркой с транспортной средой.
Цвет транспортной среды с муколитиком может измениться после помещения в нее клинического материала.
После сбора пробирки с материалом следует хранить при температуре +2+8С (на дверце холодильника). Передать в лабораторию в день сбора образцов.
Правила сбора крови:
Подготовка пациента: без особенностей.
Взятие крови из вены производится в пробирку с ЭДТА.
Материал предназначен для врачей.
Информация, размещенная в этом разделе, не может быть использована пациентом для самостоятельной диагностики и лечения.
WGS-секвенирование микробиома (mNGS метагеномное секвенирование) позволяет идентифицировать бактерии, археи, грибы, простейшие, вирусы.
WGS (whole genome sequencing) - генотипический метод, основанный на секвенировании всего доступного генетического материала с последующей идентификацией обнаруженных микроорганизмов всех детектируемых групп и анализом клинически значимых генетических детерминант.
WGS выполняется непосредственно из клинического образца, без обязательного выделения культуры. После секвенирования проводится биоинформатическая обработка данных, по результатам которой в отчете представляется перечень всех выявленных микроорганизмов.
Дополнительно выполняется детекция:
• генов токсичности;
• генов антибиотикорезистентности
• генов резистентности к антимикотикам (плановая дата запуска сентябрь)
WGS секвенирование из клинического образца применимо к различным типам биоматериала (при корректном отборе, транспортировке и подготовке проб). Метод особенно актуален, когда требуется расширенная этиологическая диагностика, и невозможно получить информативный результат стандартными диагностическими методами.
Преимущества метода
• Максимально широкий этиологический спектр: бактерии, грибы, простейшие, паразиты (есть ограничения), ДНК-вирусы, РНК-вирусы только в процессе репликации.
• Наличие в отчете информации о генах токсичности и генах антибиотикорезистентности, что помогает обосновывать терапевтическую тактику при интерпретации клинической картины.
• Повышение диагностической информативности при сложных/неоднозначных случаях.
• Устойчивость к неидеальным условиям: молекулярный подход может быть информативен при ограничениях культуры (например, низкой жизнеспособности микроорганизмов).
• Высокая чувствительность. Метод может обнаруживать патогены с низкой патогенной нагрузкой, что особенно важно при атипичной клинической картине, иммунодефицитах или труднокультивируемых микроорганизмах.
Ограничения метода:
• Зависимость от качества образца. Успех анализа во многом зависит от количества и качества выделенной ДНК.
• WGS подтверждает наличие ДНК микроорганизмов, но не доказывает их роль в текущем инфекционном процессе;
• Из -за высокой чувствительности возможны ложноположительные находки.
• Выявление транзиторной флоры.
• Риск контаминации. Существует вероятность обнаружения ДНК, происходящей от реагентов или предыдущих патогенов.
• Отсутствие детекции не исключает присутствие микроорганизма ниже порога обнаружения или вне охвата используемых баз данных.
• Детекция генов токсигенности и антибиотикорезистентности отражает потенциальные механизмы, но реальная устойчивость/экспрессия может зависеть от регуляции, мутаций в других участках, эпигенетики и условий среды.
• Метод WGS/mNGS - полуколичественный метод оценки. В качестве результата выдается процентное соотношение выявленного микроорганизма (OTU – уникальной таксономической единицы).
• Количество уникальных прочтений OTU (риды, SMRN)
Пороговые значения для идентификации возбудителя методом NGS.
Согласно опубликованным данным, инфекционный патоген определялся, если он соответствовал любому из следующих пороговых значений:
- относительная численность бактерий или грибов на уровне рода составляет 30%
- не менее 50 уникальных прочтений одного вида бактерий, вирусов или грибов; если количество уникальных прочтений патогена меньше 50, его всё равно можно диагностировать как инфекционный патоген при наличии соответствующей клинической картины;
- как минимум, одно уникальное чтение из Mycobacterium tuberculosis complex исключение кишечник и ротовая полость из-за возможности транзиторной флоры). Микобактерия туберкулёза считалась выявленной, если хотя бы одно прочтение совпадало с эталонным геномом на уровне вида или рода;
- положительным считалось обнаружение вируса, если SMRN составлял не менее 3
Показания к назначению исследования:
Оценка инфекционной нагрузки
Часто этиология инфекций остается неустановленной. Сложные случаи требуют методов диагностики, выходящих за рамки традиционных подходов. WGS-секвенирование подходит для:
- госпитализированных пациентов с различными коинфекциями
- инфекций кровотока (сепсис), когда требуется исследование по CITO
- инфекции центральной нервной системы (кровь, ликвор, биоптат головного мозга, мазок из ротовой полости)
- диагностика внелегочного туберкулеза
- хронический инфекционный процесс неясного генеза любой локализации (например, исследование мокроты и бронхо-альвеолярного лаважа при рецидивирующих пневмониях)
- онкологические процессы (рекомендуемое сочетание локусов: кал, кровь, биоптат опухоли)
Рекомендовано приобщать к запросу выписки от врача или заполнение анкеты.
Оценка нарушенного баланса (дисбиоз) возможна только при исследовании микробиоты кишечника. При этом нужно учитывать, что в кишечнике будет присутствовать транзиторная флора.
Оценку нарушенного баланса целесообразно проводить с одновременным поиском инфекционной нагрузки, при:
• воспалительных заболеваниях кишечника;
• дифференциальной диагностике с туберкулёзом кишки;
• хронических запорах или диарейном синдроме;
• онкологическом процессе;
В других обстоятельствах или с целью профилактического обследования, предпочтительнее выбрать метод 16s рРНК.
Покупайте сегодня, а платите от 2 до 6 месяцев без переплат. Первый платеж сразу, остальные - раз в две недели. Никакие документы не нужны, просто войдите в свой профиль в Яндекс или зарегистрируйтесь. При отмене заказа деньги вернутся на карту, как при обычной оплате.
Сплит доступен на срок от 2-х до 6-ти месяцев
Запись на эту дату уже закрыта, пожалуйста выберите другую.
