19 305₽
mNGS (metagenomic NGS) или более глубокое WGS — это «максимально подробное чтение» всего генетического материала в образце. Исследование помогает выявить и описать все микроорганизмы, присутствующие в биоматериале. Результаты анализа позволяют врачу выбрать оптимальную тактику диагностики и лечения.
При WGS секвенировании в лаборатории считывается весь генетический материал (ДНК) из клинического образца. По результатам формируется список всех обнаруженных микроорганизмов: бактерии, грибы, простейшие, вирусы.
Дополнительно оцениваются генетические признаки:
- гены токсичности (факторы, которые могут быть связаны с выраженностью воздействия возбудителя);
- гены устойчивости к антибиотикам (это помогает врачу учитывать, какие схемы лечения могут быть более обоснованными).
Достоинства метода: WGS-секвенирование позволяет выявлять все группы микроорганизмов, включая вирусы, а также дополнительно гены токсигенности и антибиотикорезистентности.
Важно: результат зависит от корректности забора и качества биоматериала. Поэтому следуйте инструкции по подготовке и доставке образца, чтобы получить наиболее достоверные данные.
WGS-секвенирование назначают:
Для оценки инфекционной нагрузки
Часто возбудитель инфекционного процесса остается неустановленным. Сложные случаи требуют методов диагностики, выходящих за рамки традиционных подходов. WGS-секвенирование подходит для:
- госпитализированных пациентов с различными сочетанными инфекциями (ко-инфекциями);
- при инфекции кровотока (при сепсисе);
- при инфекции центральной нервной системы (кровь, ликвор, ткань головного мозга, мазок из ротовой полости);
- для диагностики внелёгочного туберкулеза;
- хронический инфекционный процесс неустановленной причины любой локализации (например, рецидивирующие пневмонии, онкологические процессы)
Рекомендовано приобщать к запросу выписки от врача или заполнение анкеты.
Оценка нарушенного баланса (диагностика дисбиоза) возможна только при исследовании микробиоты кишечника. При этом нужно учитывать, что в кишечнике будет присутствовать транзиторная (временная) флора.
Оценку нарушенного баланса целесообразно проводить с одновременным определением инфекционной нагрузки, при:
- воспалительных заболеваниях кишечника;
- подозрении на туберкулёз кишки;
- хроническом запоре или диарейном синдроме;
- онкологическом процессе.
В других обстоятельствах или при профилактическом обследовании лучше выбрать исследование методом 16s рРНК.
Обратите внимание: взятие биоматериала производится только в следующих медицинских офисах:
- Москва, Митино
- Москва, Маяковская
- Москва, Проспект Вернадского
В остальных медицинских офисах осуществляется приём только "приносного" биоматериала.
На исследование “Метагеномное секвенирование mNGS с интерпретацией” лаборатория принимает биологический материал:
для оценки кишечной микрофлоры:
- кал
для оценки микрофлоры урогенитального тракта::
- мазок из влагалища;
- мазок из цервикального канала;
- моча разовая;
- эякулят
для определения инфекционных возбудителей в крови:
- кровь с ЭДТА
К заказу целесообразно приобщить выписки от лечащего врача и/или заполнить анкету.
Если для одного пациента требуется оценить состав микрофлоры нескольких локусов, то для каждого вида биоматериала нужно заказать и оплатить отдельное исследование.
Как подготовиться к анализу
Для получения правильного результата материал для исследования собирают до начала антибактериальной терапии или через 7 дней после ее окончания. Пробиотики не следует принимать в течение 1-2 недель перед исследованием. На состав микробиома могут влиять ингибиторы протонного насоса, антидепрессанты, нейролептики, сахароснижающие препараты, препараты для химиотерапии и другие. Продолжение приема или отмену лекарственных препаратов перед исследованием следует согласовывать с лечащим врачом.
Набор для взятия и хранения биоматериала необходимо получить в медицинском офисе Хромолаб накануне исследования.
Правила сбора кала:
Кал необходимо собрать в 2 пробирки типа эппендорф с транспортной средой.
Варианты сбора:
• С туалетной бумаги: зачерпните остатки кала стерильной палочкой-тампоном.
• Из емкости (горшок, судно): перед дефекацией емкость тщательно вымыть с мылом, ополоснуть водой, обдать кипятком и высушить.
• Из памперса (для младенцев): собрать свежий кал.
Перед отбором тщательно вымойте руки.
1. Откройте пробирку с транспортной средой, не задевая внутреннюю часть крышки и пробирки руками.
2. Положите крышку внутренней стороной вверх.
3. Аккуратно достаньте палочку-тампон из индивидуальной упаковки, не касаясь конца ватного намота.
4. Кончиком палочки-тампон соберите каловые массы, объем которых приблизительно равен объему одного-двух гречневых ядер.
5. Опустите палочку-тампон в пробирку с транспортной средой и тщательно перемешайте в течение одной минуты.
6. Извлеките палочку-тампон из пробирки и выбросьте её.
7. Закройте пробирку крышкой, не задевая внутренние части пробирки и крышки.
Хранение и транспортировка
После сбора пробирки с материалом следует хранить при температуре +2+8С (на дверце холодильника). Передать в лабораторию в день сбора образцов.
Правила сбора мазков из цервикального канала и влагалища:
Внимание! Сбор мазков осуществляет врач при гинекологическом осмотре. Взятие материала не следует проводить во время менструации. Должно пройти не менее 48 часов после полового акта, УЗИ с использованием вагинального датчика, кольпоскопии.
Проверьте целостность упаковки стерильного зонда. При вскрытии и использовании зонда не следует прикасаться стерильным краем зонда к посторонним предметам, рукам специалиста, коже пациента.
Мазок из влагалища: вращательным движением провести по поверхности боковых стенок влагалища, максимально полно собирая отделяемое. Поместить кончик зонда, содержащий взятый клинический материал, в пробирку с транспортной средой. Цвет транспортной среды с муколитиком может измениться после помещения в нее клинического материала.
Мазок из цервикального канала: перед взятием мазка следует удалить слизь и отделяемое влагалища с поверхности шейки матки стерильным марлевым или ватным тампоном. Ввести рабочую часть стерильного зонда в цервикальный канал и совершить 3-5 полных оборотов по часовой стрелке. Извлечь зонд и поместить его кончик, содержащий материал, в пробирку с транспортной средой.
Длинную пластиковую часть зонда аккуратно отломить на 1-1,5 см выше рабочей части таким образом, чтобы в пробирке остался только кончик, содержащий материал. Цвет транспортной среды с муколитиком может измениться после помещения в нее клинического материала.
! Недопустимо касаться руками или посторонними предметами внутренней части пробирки при ее открывании и закрывании. Недопустимо использование многоразовых ножниц для обрезания зонда - это может привести к перекрестной контаминации и получению ложных результатов.
Плотно закрутить пробирку крышкой, не допуская зазора и замятия внутренней части.
Хранение и транспортировка
После сбора пробирки с материалом следует хранить при температуре +2+8С (на дверце холодильника). Передать в лабораторию в день сбора образцов или не позднее следующего дня.
Правила сбора разовой порции мочи:
Наиболее информативна утренняя моча, полученная сразу после пробуждения. Непосредственно перед отбором мочи необходимо провести тщательный туалет наружных половых органов.
Женщинам: перед мочеиспусканием желательно вложить тампон во влагалище для предупреждения попадания отделяемого в образец мочи.
Мужчинам: при мочеиспускании необходимо оттянуть кожную складку и полностью освободить наружное отверстие мочеиспускательного канала.
Сбор мочи:
При первом мочеиспускании небольшое количество мочи (первые 1-2 секунды мочеиспускания) выпустить в унитаз, затем, не прерывая мочеиспускания, подставить контейнер для сбора мочи.
Собрать около 30-40 мл (1/2 - 2/3 контейнера) средней порции утренней мочи.
Плотно закрутить крышку контейнера. Не допускать протечек образца при хранении и транспортировке.
Хранение и транспортировка
После сбора контейнер с материалом следует хранить при температуре +2+8С (на дверце холодильника). Передать в лабораторию как можно скорее в день сбора образца.
Правила сбора эякулята:
Для отбора эякулята потребуются стерильный контейнер (баночка), стерильный зонд и пробирки со специальной транспортной средой (в наборе для взятия и хранения проб).
Условия подготовки: перед сбором эякулята должно пройти не менее 48 часов после полового акта. Следует воздерживаться от мочеиспускания в течение 1,5-2 часов перед сбором.
Проверьте целостность упаковки стерильного зонда.
Вымойте руки с мылом.
Проведите гигиеническую обработку половых органов.
Получите эякулят путем мастурбации, соберите весь объем в стерильный контейнер.
Вскройте упаковку стерильного зонда, перенесите с помощью зонда биоматериал из контейнера в пробирку с транспортной средой в объеме не более ⅓ от объема самой транспортной среды. Перемешайте в течение 1 минуты. ! Недопустимо касаться руками или посторонними предметами внутренней части пробирки при ее открывании и закрывании.
Извлеките зонд из пробирки и выбросьте его. Закройте пробирку крышкой, не задевая внутренние части пробирки и крышки. Плотно закрутите пробирку крышкой, не допуская зазора и замятия внутренней части крышки.
Повторите манипуляцию со второй пробиркой с транспортной средой.
Цвет транспортной среды с муколитиком может измениться после помещения в нее клинического материала.
Хранение и транспортировка
После сбора пробирки с материалом следует хранить при температуре +2+8С (на дверце холодильника). Передать в лабораторию в день сбора образцов.
Правила сбора крови:
Подготовка пациента: без особенностей.
Взятие крови из вены производится в пробирку с ЭДТА.
Материал предназначен для врачей.
Информация, размещенная в этом разделе, не может быть использована пациентом для самостоятельной диагностики и лечения.
WGS-секвенирование микробиома (mNGS метагеномное секвенирование) позволяет идентифицировать бактерии, археи, грибы, простейшие, вирусы.
WGS (whole genome sequencing) - генотипический метод, основанный на секвенировании всего доступного генетического материала с последующей идентификацией обнаруженных микроорганизмов всех детектируемых групп и анализом клинически значимых генетических детерминант.
WGS выполняется непосредственно из клинического образца, без обязательного выделения культуры. После секвенирования проводится биоинформатическая обработка данных, по результатам которой в отчете представляется перечень всех выявленных микроорганизмов.
Дополнительно выполняется детекция:
• генов токсичности;
• генов антибиотикорезистентности
• генов резистентности к антимикотикам (плановая дата запуска сентябрь)
WGS секвенирование из клинического образца применимо к различным типам биоматериала (при корректном отборе, транспортировке и подготовке проб). Метод особенно актуален, когда требуется расширенная этиологическая диагностика, и невозможно получить информативный результат стандартными диагностическими методами.
Преимущества метода
• Максимально широкий этиологический спектр: бактерии, грибы, простейшие, паразиты (есть ограничения), ДНК-вирусы, РНК-вирусы только в процессе репликации.
• Наличие в отчете информации о генах токсичности и генах антибиотикорезистентности, что помогает обосновывать терапевтическую тактику при интерпретации клинической картины.
• Повышение диагностической информативности при сложных/неоднозначных случаях.
• Устойчивость к неидеальным условиям: молекулярный подход может быть информативен при ограничениях культуры (например, низкой жизнеспособности микроорганизмов).
• Высокая чувствительность. Метод может обнаруживать патогены с низкой патогенной нагрузкой, что особенно важно при атипичной клинической картине, иммунодефицитах или труднокультивируемых микроорганизмах.
Ограничения метода:
• Зависимость от качества образца. Успех анализа во многом зависит от количества и качества выделенной ДНК.
• WGS подтверждает наличие ДНК микроорганизмов, но не доказывает их роль в текущем инфекционном процессе;
• Из -за высокой чувствительности возможны ложноположительные находки.
• Выявление транзиторной флоры.
• Риск контаминации. Существует вероятность обнаружения ДНК, происходящей от реагентов или предыдущих патогенов.
• Отсутствие детекции не исключает присутствие микроорганизма ниже порога обнаружения или вне охвата используемых баз данных.
• Детекция генов токсигенности и антибиотикорезистентности отражает потенциальные механизмы, но реальная устойчивость/экспрессия может зависеть от регуляции, мутаций в других участках, эпигенетики и условий среды.
• Метод WGS/mNGS - полуколичественный метод оценки. В качестве результата выдается процентное соотношение выявленного микроорганизма (OTU – уникальной таксономической единицы).
• Количество уникальных прочтений OTU (риды, SMRN)
Пороговые значения для идентификации возбудителя методом NGS.
Согласно опубликованным данным, инфекционный патоген определялся, если он соответствовал любому из следующих пороговых значений:
- относительная численность бактерий или грибов на уровне рода составляет 30%
- не менее 50 уникальных прочтений одного вида бактерий, вирусов или грибов; если количество уникальных прочтений патогена меньше 50, его всё равно можно диагностировать как инфекционный патоген при наличии соответствующей клинической картины;
- как минимум, одно уникальное чтение из Mycobacterium tuberculosis complex исключение кишечник и ротовая полость из-за возможности транзиторной флоры). Микобактерия туберкулёза считалась выявленной, если хотя бы одно прочтение совпадало с эталонным геномом на уровне вида или рода;
- положительным считалось обнаружение вируса, если SMRN составлял не менее 3
Показания к назначению исследования:
Оценка инфекционной нагрузки
Часто этиология инфекций остается неустановленной. Сложные случаи требуют методов диагностики, выходящих за рамки традиционных подходов. WGS-секвенирование подходит для:
- госпитализированных пациентов с различными коинфекциями
- инфекций кровотока (сепсис), когда требуется исследование по CITO
- инфекции центральной нервной системы (кровь, ликвор, биоптат головного мозга, мазок из ротовой полости)
- диагностика внелегочного туберкулеза
- хронический инфекционный процесс неясного генеза любой локализации (например, исследование мокроты и бронхо-альвеолярного лаважа при рецидивирующих пневмониях)
- онкологические процессы (рекомендуемое сочетание локусов: кал, кровь, биоптат опухоли)
Рекомендовано приобщать к запросу выписки от врача или заполнение анкеты.
Оценка нарушенного баланса (дисбиоз) возможна только при исследовании микробиоты кишечника. При этом нужно учитывать, что в кишечнике будет присутствовать транзиторная флора.
Оценку нарушенного баланса целесообразно проводить с одновременным поиском инфекционной нагрузки, при:
• воспалительных заболеваниях кишечника;
• дифференциальной диагностике с туберкулёзом кишки;
• хронических запорах или диарейном синдроме;
• онкологическом процессе;
В других обстоятельствах или с целью профилактического обследования, предпочтительнее выбрать метод 16s рРНК.
Покупайте сегодня, а платите от 2 до 6 месяцев без переплат. Первый платеж сразу, остальные - раз в две недели. Никакие документы не нужны, просто войдите в свой профиль в Яндекс или зарегистрируйтесь. При отмене заказа деньги вернутся на карту, как при обычной оплате.
Сплит доступен на срок от 2-х до 6-ти месяцев
Запись на эту дату уже закрыта, пожалуйста выберите другую.
